Впервые кафедра стоматологии при ТашИУВ была организована в 1967 году под руководством проф. К.С. Маликова, который заведовал ею до 1996 года. В 1976 году на базе кафедры были организованы самостоятельные кафедры ортопедической, терапевтической и хирургической стоматологии. В 1979 году отделилась, как самостоятельная, кафедра детской стоматологии.
С 1996 года кафедра ортопедической стоматологии начала функционировать на хозрасчетной основе.
В 1998 году была организована кафедра Стоматологии 2 за счет слияния кафедр ортопедической и терапевтической стоматологии на хозрасчетной основе.
С 1996 по 2007 годы кафедрой заведовал доцент С.Р. Тилляходжаев.
С 2007 по 2015 годы кафедрой заведовал д.м.н., профессор С.С. Агзамходжаев.
С января до сентября 2016 года кафедрой заведовал д.м.н., Ж.А. Ризаев.
С сентября 2016 года кафедрой заведовал д.м.н., профессор Гаффоров С.А.
С сентября 2017 года была организована кафедра Стоматология, детская стоматология и ортодонтии за счет слияния кафедр Стоматология-2 и Детская стоматология и ортодонтии и заведует кафедрой профессор Гаффоров С.А.
Основной целью работы кафедры является организация и проведение циклов первичной специализации и усовершенствования для врачей-стоматологов, работающих в Республике Каракалпакстан, областях Республики и г. Ташкенте, как в государственном, так и в частном секторе.
Во исполнение письма МЗ РУз за №8-7.4/113 от 05.03.08 при кафедре организованы курсы повышения квалификации зубных техников, который на сегодняшний день полностью оборудован и с 2009-2010 учебного года начался учебный процесс.