Кафедра была основана в 1985 году и первоначально называлась Терапия-Ш. Кафедру возглавил доктор медицинских наук, профессор Нажим Каюмович Бобохуджаев.

За свою трудовую деятельность Н.К.Бабаходжаев организовал курс «Подростковая патология». На кафедре велась активная работа по экстрагенитальной патологии, защищены 4 кандидатские диссертации.

Доктор медицинских наук, проф. Ш.Н. Был назначен Носиров.

С 2011 года кафедра носит название «Внутренние болезни и фармакотерапия». В связи с этим больше внимания уделялось вопросам фармакотерапии в образовательных программах.

В 2017-2018 годах кафедру возглавлял профессор Каюмов У.К. была объединена с кафедрой «Внутренних болезней», которую возглавил д.

В мае 2018 года кафедра была разделена на две кафедры: «Внутренние болезни №1» и «Внутренние болезни №2». к.м.н., Ибрагимов А. Ю. назначен.

В сентябре 2023 года кафедры «Внутренних болезней №1» и «Внутренних болезней №2» были вновь объединены и создана кафедра внутренних болезней, к.м.н., Ибрагимов А.В. Ю. был назначен заведующим кафедрой.