Кафедра хирургии была основана в 1932 году в составе единственного в Средней Азии Ташкентского института повышения квалификации врачей. В годы Второй мировой войны кафедру возглавлял профессор Г.А. Ротенберг, под его руководством было подготовлено 3000 военнослужащих врачей. В это время активно работали сотрудники кафедры: кандидат медицинских наук, доцент И.А. Эскин, кандидат медицинских наук С.М. Игров, кандидат медицинских наук, доцент М.Т. Караш и ассистент М.Ф. Саидов, а также на кафедру были приглашены профессор С.А. Муминов и ассистент Р.К. Федермерсер.

В период с 1953 по 1964 год кафедру возглавлял доцент М.Н. Гаспарин, затем, с 1964 по 1975 год, кафедру возглавлял доктор медицинских наук Х.Н. Муратова, а с 1975 по 1996 год – кандидат медицинских наук, доцент Ш.Ш. Ильсон.

В 1996-1998 годах кафедру возглавлял квалифицированный хирург, профессор Ф.Г. Назаров. Под его руководством были созданы отличные условия для работы кафедры, и теоретические и практические навыки были широко внедрены среди хирургов республики. С 1998 по 2004 год кафедру возглавлял профессор А.М. Худойберганов.

С 2004 года кафедру возглавляет высококвалифицированный специалист – профессор Х.А. Акилов. Под его руководством база кафедры была расширена и оснащена современным оборудованием.

С февраля 2005 года в состав кафедры был включен курс "Детская хирургия", созданный в 1999 году под руководством профессора А.С. Сулейманова. Курс в 1999-2000 годах возглавлял член-корреспондент РАН, действительный член Академии медицинских наук Казахстана, профессор А.С. Сулейманов, а в 2000-2003 годах – кандидат медицинских наук, доцент Е.И. Ильясов. В 2004 году была создана кафедра "Детская хирургия", которую возглавил профессор Ж.Б. Бекназаров.

С 2005 года кафедра носит название "Хирургия и детская хирургия" и в настоящее время под руководством профессора Х.А. Акилова работают: доктор медицинских наук Ф.А. Даутов, доктор медицинских наук Ф.Ш. Примов, доктор медицинских наук А.У. Рахимов, доцент Р.Р. Соатов, доцент Ш.А. Низомов, ассистент А.М. Файзиев и ассистент Б.Н. Тиловов.

В настоящее время на кафедре ведутся научные исследования в области хирургии органов грудной клетки, неотложной детской хирургии, хирургии желчных путей, желудка и двенадцатиперстной кишки, реконструктивной хирургии органов мочеотделения. В результате этих исследований опубликовано более 500 научных трудов, включая монографии, патенты и диссертации. На сегодняшний день сотрудники кафедры активно участвуют в республиканских и международных конференциях и симпозиумах.