Кафедра расположена на двух клинических базах: 1-городской клинической инфекционной больницы и в клинике НИИ Вирусологии.

1- КИГБ. На данной базе курсанты проходят обучение по тематикам: гепатиты и  ОКИ у беременных, воздушно – капельные инфекции. .

2 база НИИ Вирусологии функционируют следующие отделения: гепатитное – для больных с острыми и хроническими вирусными гепатитами, отделения интенсивной терапии, ОКИ-неонатология, реанимационное отделение для ОКИ, отделение для больных с ВИЧ/СПИДом, диспансерное отделение. В клинике функционируют следующие лаборатории: клиническая, биохимическая, иммунологическая, референс лаборатория по диагностике вирусных гепатитов и TORCH-инфекций. Также функционирует морфологическая лаборатория.